目前能有效治疗钙结石的治疗方案还很有限，包括噻嗪类利尿剂、枸橼酸、别嘌呤醇、水化和低钠、低蛋白、正常量钙饮食；这些方法的疗效均已被随机的前瞻性试验所证实。但是新的治疗方案的发展缓慢，同时对其的有效性的严格的研究亦进展缓慢。针对含钙肾结石患者的治疗方案在过去20年中未有明显的改变。为了进一步发展治疗方法，许多疗效还不肯定的治疗方案虽然已经在使用，但仍需严格的试验来证实它们的疗效。另外，亦须研制新的药物，并将其推向市场，治疗结石这非常普遍的疾病。以下所列的治疗方法和新的药物具有一定的代表性，但并不意味着包括所有的有潜力的治疗结石的方法。
目前草酸钙结石的药物治疗以集中在减少尿钙排泄和调节结晶抑制因子（枸橼酸）或是促进因子（尿酸）的尿中排泄量。但仍没有关于相关药物在减少尿草酸排泄方面的疗效的对照试验，而用于减少尿草酸排泄的治疗还包括饮食治疗，即避免使用草酸含量高的食物。两种新的治疗方案在治疗高草酸尿方面有较可靠疗效：吡哆胺和降解草酸的细菌。吡哆胺是维生素B6的衍生物。该药物的血液浓度很低，且在起效剂量下对人体无*性。体外实验中，吡哆胺与草酸的羰基前体（乙醛酸和羟乙醛）形成复合物，减少乙醛酸的量，从而减少其在肝中分解为草酸。动物实验中将吡哆胺给予正常小鼠，发现小鼠尿草酸排泄减少。将吡哆胺给予乙二醇诱导的高尿草酸小鼠，发现该群小鼠尿草酸排泄明显降低，肾脏中的草酸钙结晶作用亦明显减弱。该治疗方法对有体内产生过多的草酸而引起高草酸尿症的患者有明显的效果，比如原发性高草酸尿症。目前尚无发表的关于吡哆胺减少人类尿草酸排泄的作用的研究。但由国立卫生研究所赞助的关于吡哆胺治疗原发性高草酸尿症和特发性草酸钙结石的患者的研究目前正在进行中。
肠道处理草酸方面的最新进展给我们提供了一条新的降低尿草酸的途径。一些研究发现缺乏草酸转运基因Slc26a6的小鼠有明显的高草酸尿，只是因为草酸被肠道吸收。由于草酸转运基因的敲除，使草酸分泌障碍，导致肠道对草酸无节制的吸收。因此认为肠道具有强的分泌草酸的能力，虽然这个观点未被广泛认同，但是却提供了一条排泄草酸的途径。任何能降低肠道中草酸浓度的治疗方法均能改善分泌或吸收的驱动力。降解草酸的细菌即是利用的该机理。产甲酸草酸杆菌是厌氧菌，为正常的肠道菌群中的一种。不同的横断面研究表明结石患者肠道中该菌的集群率较非结石患者低；但是这些研究的结果并不能的出这就是结石的原因之一或者结石会导致这种情况。产甲酸草酸杆菌作为高草酸尿症和草酸钙结石的治疗方法的潜力正在积极的开发之中。Sidhu等发现产甲酸草酸杆菌能通过降低肠道中草酸的浓度来增加肠道对草酸的分泌。Hatch等发现不仅给予该菌有此作用，细菌匀浆亦有此作用。在人类中的研究仍有限，其中一个非对照研究采用该菌治疗原发性高草酸尿症，部分病人的尿排泄量减少。我们等待采用草酸杆菌治疗普遍的草酸钙结石的正式试验。
乳酸菌亦能降解草酸，这不是其唯一的作用，因此其降解草酸的作用要弱于草酸杆菌。一个非对照试验采用乳酸菌的前体药物治疗6为位患者，发现患者尿中草酸含量明显下降。另一个试验采用高剂量的乳酸菌药物治疗肠源性高草酸尿症患者，发现患者尿中草酸含量适度降低。但是最近的随机临床试验采用同样的前体药物，未发现高草酸尿症和草酸钙结石患者的尿中草酸含量下降。乳酸菌的疗效还有待研究。
特发性高钙尿症是一种系统性疾病，累及肾脏，肠道和骨骼，是钙结石患者的最常见的代谢异常。特发性高钙尿症患者时常会发生低骨矿物密度，且伴有结石病史的患者更易发生骨折。但是关于改善结石患者骨密度的首选药物的研究目前还没有。目前只有有限的数据表明噻嗪类利尿剂有增加特发性高钙尿症患者的骨密度的作用。而二碳磷酸盐能抑制破骨细胞的骨吸收作用，从而增加骨密度，但是目前尚无其在结石患者人群中的疗效的研究。许多先前的研究采用二膦酸盐，该药目前已不再使用。Wesinger等每日给予18位特发性高钙尿症的患者阿伦膦酸盐（二膦酸盐中一种）,持续1年，发现患者尿钙减少，同时骨矿物密度增加。Heller等的最近研究采用阿伦膦酸盐治疗特发性高钙尿症患者，发现尿钙减少和骨标记逆转。
二碳磷酸盐可能还有预防结石形成的作用，因为其能降低尿钙排泄、抑制尿中钙盐结晶。而采用二碳磷酸盐长期治疗特发性高尿钙症和钙结石的安全性和疗效仍待研究。采用枸橼酸钾来治疗高尿钙相关的骨量减少期间，骨矿物密度增加了，可能是因为其对抗由骨骼来缓冲的食物引起的酸负荷作用。然而，三种药物间的相对有效性目前还不清楚。硫代硫酸钠因其抗氧化作用而被作为抗氧化药物。目前被用来作为反应底物为需要硫的人群提供硫。目前硫代硫酸钠的两大临床应用分别为治疗氰化物中*和作为减少癌症化疗（顺铂）的*性的中和剂。年Yatzidis给予34位肾钙结石患者硫代硫酸钠，并比较治疗前和治疗后的结石形成率，发现结石复发率从治疗前的0.98下降到治疗后的0.11/人/年（p＜0.）。该试验未对任何代谢类型进行筛选。尽管该试验发现了硫代硫酸钠的疗效，但是未有后续相关研究，硫代硫酸钠也未成为普遍的预防结石的疗法。然而，最近研究发现硫代硫酸钠能减少肾衰患者的软组织的钙化，使研究者又重新开始
